Mekanik permainan Majora's Mask dikembangkan daripada Ocarina of Time; ia mengekalkan konsep teka-teki kurungan bawah tanah (dungeon) dan lagu-lagu okarina, dan memperkenalkan konsep perubahan bentuk watak dan kekangan dalam kitaran tiga hari. Seperti dalam keluaran-keluaran lepas, Link boleh melakukan perbuatan-perbuatan asas seperti berjalan, berlari dan lompatan terhad, dan perlu menggunakan item untuk bertarung dengan musuh dan menyelesaikan teka-teki. Senjata utama Link ialah pedang yang boleh dinaik taraf di sepanjang permainan. Senjata-senjata dan item-item lain juga boleh didapati—Link boleh menghalang atau memantul semula serangan dengan perisai, memegunkan musuh dengan membaling Kekacang Deku (Deku Nuts), menyerang dari jarak jauh dengan busur dan panah, serta memusnahkan halangan dan mencederakan musuh dengan bom. Dia juga boleh berpaut pada objek-objek atau melumpuhkan musuh dengan Hookshot (sejenis pencangkuk besi). Kuasa magik membolehkan serangan-serangan seperti anak-anak panah magik atau serangan pusing, dan penggunaan item-item istimewa.

Topeng-topeng dan pertukaran bentuk

Berbanding dengan Ocarina of Time, yang mana topeng-topengnya hanya digunakan dalam satu pencarian sampingan (side-quest) yang tidak semestinya dilakukan, topeng-topeng memainkan peranan utama dalam Majora's Mask yang mempunyai sejumlah 24 topeng.[8]

Link boleh bertukar bentuk mengikut kehendaknya kepada makhluk-makhluk berlainan: Topeng Deku menukarkan bentuk Link kepada Belukar Deku (Deku Scrub), Topeng Goron menukarkannya kepada Goron dan Topeng Zora menukar bentuknya kepada Zora.[9] Setiap bentuk mempunyai kebolehan-kebolehan tersendiri: Link Deku boleh melakukan serangan pusing (spin attack), menembak buih dari mulutnya, melompat atas air, dan terbang buat seketika dengan melancarkan dirinya daripada Bebunga Deku (Deku Flowers); Link Goron boleh berguling seperti roda pada kelajuan tinggi (dan tumbuh pepacak pada kelajuan yang lebih tinggi), menumbuk dengan daya yang amat tinggi, menghentam tanah dengan badannya yang besar dan seperti batu, berjalan dalam lahar tanpa tercedera dan menekan suis-suis yang berat; Link Zora boleh berenang dengan pantas, membaling sesirip seperti bumerang dari lengannya, menghasilkan medan daya dan berjalan di dasar sebarang jasad air. Banyak kawasan dalam permainan ini hanya boleh dicapai dengan menggunakan kebolehan-kebolehan ini.

Link dan tiga bentuk perubahannya menerima reaksi berlainan daripada watak-watak bukan pemain.[10] Misalnya, Goron dan Zora dibenarkan keluar dari Clock Town pada bila-bila masa, tetapi Belukar Deku tidak dibenarkan kerana ia menyerupai kanak-kanak. Haiwan-haiwan juga berinteraksi secara berlainan dengan setiap satu daripada empat bentuk Link. Misalnya, bentuk normal Link tidak dihiraukan oleh anjing-anjing, Link Deku diserang mereka, Link Goron menakutkan mereka, dan Link Zora membuatkan anjing-anjing tersebut mengejarnya dengan gembira.

Topeng terakhir yang akan diperolehi dalam permainan video ini ialah Topeng Dewa Garang (Fierce Deity's Mask). Meskipun penggunaan topeng ini terbatas hanya kepada perlawanan bos sahaja, ia boleh juga dipakai di mana-mana sahaja dengan penggunaan glic (glitch). Apabila topeng ini dipakai, saiz Link membesar menjadi dua setengah kali ganda ketinggian asalnya. Pakaiannya bertukar putih dan mukanya kelihatan berconteng-conteng oleh sejenis cat perang (war paint). Pedang yang digunakan Link Dewa Garang berbentuk heliks dan menggunakan kuasa magik untuk menembak api ke arah musuh-musuh.

Topeng-topeng lain memberikan faedah mengikut situasi. Misalnya, Topeng Pari-pari Besar (Great Fairy's Mask) membantu mendapatkan pepari sesat yang bertaburan di seluruh empat kuil, Hud Arnab (Bunny Hood) membolehkan Link berlari lebih pantas, dan Topeng Batu (Stone Mask) membuatkan Link halimunan daripada pandangan kebanyakan watak bukan pemain dan musuh. Topeng-topeng yang kurang berharga biasanya hanya terlibat dalam pencarian sampingan yang tidak semestinya dilakukan atau dalam situasi-situasi khas. Antara contohnya termasuklah Topi Penghantar Surat (Postman's Hat) yang membolehkan Link mencapai item-item di dalam peti surat,[11] dan Topeng Kafei (Kafei's Mask) yang memulakan pencarian sampingan yang panjang untuk menerima Topeng Pasangan (Couple's Mask).[12]

Kitaran tiga hari dan lagu-lagu

Majora's Mask mengenakan batas masa permainan selama tiga hari (72 jam)[13] yang bersamaan kira-kira 54 minit dalam dunia sebenar.[4] Satu jam pada skrin menunjukkan hari dan masa. Link boleh pulang ke jam 6 pagi pada hari pertama dengan memainkan "Lagu Masa" ("Song of Time") dengan Okarina Masa (Ocarina of Time). Jika dia tidak melakukannya, bulan dunia tersebut akan memusnahkan Clock Town dan semua kawasan sekelilingnya dalam Termina dan Link akan kehilangan semua pencapaiannya.[13] Namun, dengan kembali ke hari pertama, semua kemajuan pemain dalam permainan dan pencapaian-pencapaian utama, seperti perolehan peta, topeng, lagu dan senjata, akan disimpan secara kekal.[14] Teka-teki yang telah diselesaikan, kunci-kunci dan item-item kecil akan hilang, beserta juga dengan sebarang rupee yang tidak disimpan di dalam bank, dan hampir semua watak tidak akan mengingati pernah bertemu Link.[15] Link boleh memperlahankan masa atau meleding ke pagi hari seterusnya dengan memainkan dua variasi Lagu Masa. Patung-patung burung hantu yang bertaburan di sekitar sesetengah kawasan utama dunia membolehkan pemain untuk menyimpan kemajuan mereka secara sementara, serta menyediakan titik-titik ledingan untuk bergerak dengan pantas di sekeliling dunia tersebut.

Kegunaan-kegunaan lain bagi lagu-lagu termasuklah mengubah cuaca, teleport antara patung-patung burung hantu di sekitar Termina, dan membuka kunci kuil-kuil. Setiap topeng perubahan bentuk menggunakan alat muzik yang berlainan: Link Deku memainkan instrumen banyak hon yang dinamakan "Paip Deku" (Deku Pipes), Link Goron memainkan satu set dram bongo yang diikat di sekelilingnya, dan Link Zora memainkan gitar yang dibuat daripada rangka ikan besar. Jackson Guitars telah menghasilkan replika 7 tali edisi terhad gitar ini yang merupakan hadiah utama satu pertandingan dalam Nintendo Power, yang dinamakan sebagai "Jackson Zoraxe".[16] Permainan ini menggunakan semula tiga lagu okarina daripada Ocarina of Time: "Lagu Masa" ("Song of Time"); "Lagu Ribut" ("Song of Storms") untuk mengubah cuaca seperti yang telah disebut; dan "Lagu Epona" ("Epona's Song") yang memanggil kuda Link.

Dalam kitaran tiga hari, banyak watak bukan pemain mengikuti jadual tetap yang Link boleh ikuti menggunakan Buku Nota Bomber (Bomber's Notebook).[17] Buku nota ini menjejak dua puluh watak yang memerlukan bantuan,[17] seperti seorang askar yang Link hantarkan ubat kepadanya, dan pasangan yang telah bertunang yang Link bantu satukan semula. Palang-palang biru dalam garis masa buku nota menunjukkan bila watak-watak boleh ditemui untuk berinteraksi, dan ikon-ikon menunjukkan bahawa Link telah menerima item, seperti topeng-topeng, daripada watak-watak.[17]